La violencia sexual es a menudo un arma de guerra que se despliega de manera consciente. Puede incluir la violación, la mutilación, la explotación y el abuso. En los conflictos que estallaron a comienzos de los años 1990 en Bosnia y Herzegovina y Croacia, violar a las adolescentes y las mujeres y obligarlas a procrear niños y niñas, denominados a menudo como “hijos del enemigo”, fue una política deliberada. En otros conflictos más recientes, como los de Liberia, la República Democrática del Congo, Sierra Leona y el Sudán, se han dado casos de violencia sexual. A menudo, las niñas adolescentes son el blanco preferido debido a su juventud y a su incapacidad relativa para defenderse, o porque se considera que tienen menos posibilidades de estar infectadas con el VIH. Hay numerosos informes procedentes de las zonas de conflicto que indican que las milicias o los grupos rebeldes secuestran a las niñas para someterlas a la esclavitud sexual.

El aumento en la violencia sexual que a menudo acompaña los conflictos no se limita a los crímenes cometidos por combatientes. El caos y el desorden que produce la guerra socavan el imperio de la ley, y esto deja a los niños y las niñas –especialmente aquellos que están separados de sus familias y sus comunidades– mucho más vulnerables a la violencia o la explotación sexual. Los campamentos para personas desplazadas pueden ser lugares muy peligrosos para los niños y las niñas debido a que el hacinamiento, la desesperación y una deficiente aplicación de la ley pueden exponerlos al abuso sexual. Además, la pobreza, el hambre y la inseguridad generadas por el conflicto pueden conducir a los niños y niñas a la prostitución: en Colombia, por ejemplo, niñas de solamente 12 años se han sometido sexualmente a los grupos armados para garantizar la seguridad de sus familias.

Todos estos factores suelen aumentar la posibilidad de la transmisión del VIH en las zonas de conflicto, mientras que la quiebra de los sistemas escolares y de salud dificulta las salvaguardas que podrían contrarrestar estos riesgos. Además, la desesperanza que surge en una zona afectada por la guerra puede inducir a los jóvenes a escoger una conducta sexual arriesgada. Un conflicto en una región con tasas reducidas de VIH no produce por sí solo una explosión en las tasas de infección. Pero la ruptura del orden social y la violencia sexual relacionada con el conflicto aumentan siempre la propagación del VIH. Cuando estalla la guerra en una zona que ya está afectada por el VIH/SIDA, como en Rwanda durante los años 1990 y en la región oriental de la República Democrática del Congo, las consecuencias son catastróficas.